La Escuela Preparatoria Regional de Zapotlanejo pertenece al Sistema de Educación Media Superior de la Universidad de Guadalajara, inició sus labores como una institución de enseñanza incorporada a la Universidad de Guadalajara en el año 1989 teniendo como sede las instalaciones del DIF municipal y, esporádicamente, la Casa de la Cultura del Municipio. El 16 de diciembre de 1991, según consta en la escritura número 20 de la Notaria N° 2 de la ciudad de Zapotlanejo, se dona un terreno de 6,120 metros cuadrados en el Kilómetro 1.5 de la antigua carretera a Tepatitlán de Morelos, en donde actualmente tiene sus instalaciones. 

El día 27 de agosto de 1993, el Gobernador del Estado de Jalisco, el Lic. Carlos Rivera Aceves, coloca la primera piedra de lo que sería la Escuela Preparatoria Regional de Zapotlanejo. Posteriormente en el año 1994, se aprueba el dictamen de creación la Preparatoria como Escuela Regional del H. Municipio de Zapotlanejo, Jalisco, lo cual propició que un mayor número de jóvenes tuvieran la oportunidad de acceder a la enseñanza del nivel media superior. 

Para el año 2000 se incorporó un Módulo en la localidad de Matatlán, de tal manera que la oferta educativa de dicho nivel llegó a otra localidad del Municipio que por situación de la lejanía habían abandonado sus estudios en el bachillerato. En ambos espacios se imparte cátedra a aproximadamente 1,500 estudiantes, en el plan de estudio: Bachillerato General por Competencias.